厭氧消化系統的啟動主要是培養消化污泥，消化污泥培養正常的一個主要標志是產酸菌與甲烷菌數量上的動態平衡。產酸菌繁殖速度快，對環境條件要求較低，極易大量培養繁殖，而甲烷菌很脆弱，對環境條件要求高，初期培養較困難，因此，試運行中生物培養的主要目標是甲烷菌的培養。一般來說，甲烷菌培養良好時，產酸菌必然良好，但產酸菌的過度繁殖，不利于甲烷菌的培養，有時甚**不可能培養起來。
向消化池內投入消化種污泥，種污泥可以取自其他處理廠，如無條件，可從廢坑塘種取部分腐爛的污物或污泥投入消化池作為種污泥。向消化池內逐步投入生污泥，使消化污泥自行逐漸形成。此法培養時間較長，一般需2－3個月才能將消化污泥培養正常。
在培養消化污泥時，必須控制有機物的投配負荷，投配負荷太高，會導致揮發性脂肪酸的大量積累，使酸衰退階段時間太長，從而大大延長培養時間。一般有兩種控制方法：一是降低投泥的濃度；二是用初沉出水或二沉出水注滿消化池，稀釋投入的污泥。 1、厭氧濾池的啟動
厭氧濾池的啟動即完成反應器內污泥的增殖與馴化，通過形成生物膜和細胞聚集體
使污泥達到預定的濃度和活性，從而使反應器可在設計負荷下正常運行。通常可采用已有的污水處理廠的消化污泥作為接種污泥，污泥在投加前可與部分原水混合，在反應器仲停留3－5d，然后開始連續進水。開始時，COD負荷應低于1.0kg/(m3·d)。對于高濃度的廢水要進行適當的稀釋，并在啟動過程中逐漸減少稀釋倍數，增加負荷。當廢水中可生物降解的COD去除率達到80％左右時，即可按設計負荷連續運行了。 2、UASB系統的啟動
對于一個新建的上流式厭氧污泥床（UASB）系統來說，啟動過程主要是用未經馴化的絮狀污泥（如污水處理廠的消化污泥）對其進行接種，使反應器達到設計負荷并實現有機物的去除效果，通常這一過程伴隨著顆粒化的完成，因此也稱為污泥的顆粒化。由于厭氧微生物，特別是甲烷菌增殖很慢，厭氧反應器的啟動需要很長時間。但是，一旦啟動完成，在停止運行后的再次啟動可以迅速完成。
當沒有現成的厭氧污泥和顆粒污泥時，采用**多的是城市污水廠的消化污泥。除了消化污泥之外，可用作接種的污泥和沉淀物或富微生物的河泥也可以培養出顆粒污泥。污泥VSS的接種濃度**少不低于10kg/m3反應器容積。接種污泥的填充量應不超過反應器容積的60％。
當用非顆粒污泥接種時，為了培養顆粒污泥或沉降性能好的污泥，都存在一個將絮狀污泥和分散的細小污泥由反應器“洗出”的階段，這是反應器完成顆粒化的先決條件。這一階段是一個緩慢和微生物逐步進化的過程，控制的關鍵要素之一是水力停留時間或上升流速。一般升流速度未0.4－1.0m/h，如果有必要可以采用出水的回流。但是出水沖走的污泥**沒有必要回流到反應器。
從負荷角度考慮UASB的初次啟動和顆粒化過程分為3個階段。
階段1，即啟動的初始階段，這一階段是低COD負荷的階段《2kg/(m3.d)
階段2 即當反應器COD負荷上升**2－5kg/(m3.d)的啟動階段。在這階段在反應器里對較重的污泥顆粒和分散的、絮狀的污泥進行選擇。使這一階段的末期留下的污泥中開始產生顆粒污泥和保留沉淀性能良好的污泥。所以COD負荷在5kg/m3.d左右是反應器中以顆粒污泥或絮狀污泥為主的一個重要的分界。 階段3 這一階段是指反應器COD負荷超過5kg/m3.d，此時，絮狀污泥變得迅速減少，而顆粒污泥加速形成直到反應器內不再有絮狀污泥存在。
當反應器COD負荷大于5kg/m3.d，由于顆粒污泥的不斷形成反應器大部分被顆粒污泥充滿時，其**大COD負荷可以超過20kg/m3.d，當反應器運行COD負荷小于5kg/m3.d時，系統中雖然可能形成顆粒污泥，但是反應器的污泥性質是由占主導地位的絮狀污泥所確定
